本院兒科部可分為一般兒科與新生兒科。並與中山附醫等醫學中心合作 ,提供小兒心臟、小兒過敏免疫、與小兒遺傳及新陳代謝專科等次專科服務。
 

1. 本院為「新生兒聽力篩檢醫療機構」，於寶寶出生24-60小時內提供篩檢。透過篩檢能夠早期發現聽力障礙問題，並及早接受治療。

2. 母嬰親善醫院:是南投縣唯一婦幼醫療中心,且經評定為優良級母嬰親善醫院

3. 護理人員臨床經驗豐富，一半以上人員均達服務10年資歷,護理人員具備NRP, PALS證照率100%

4. 佑民醫院全體兒科醫護同仁本著愛心﹑細心﹑用心的精神,呵護廣大南投鄉親親愛寶貝的健康

1. 嬰幼兒門診

2. 一般小兒科門診及小兒科專科門診

3. 兒童各種疫苗預防注射

4. 病房住院服務

5. 新生兒﹑早產兒住院服務

6. 嬰兒室托嬰

7. 小兒急診服務