佑民醫院創立於1980年，由謝文輝醫師，何峻壽醫師與蔡修仁醫師共同創立。

創立之初，三位創辦人深感南投地區醫療資源匱乏，決心將級重症醫療帶進南投區；規模由初期之30床逐漸擴充至280床，床位預計擴充至350床，醫師陣容亦由當初草創之三位外科醫師增加至50位專任醫師。

民國2000年3月南投縣醫師公會創會四十年大會中，公開表揚佑民『率先建院，為大南投地區眾大病患服務、口碑遠播，功成卓越』，特頒予醫療特殊貢獻獎。自民國1990-2007年間六度取得地區教學醫院資格，現為新制評鑑優等之院所。

2008年4月與彰化基督教醫院正式建立醫療合作關係，導入醫學中心級之醫療服務及軟硬體設備，建構完整醫療服務網，提昇急診照護能力，擴充及改善服務空間，更新引進重大設備，並積極網羅專科醫師人力。為因應醫療分工日益精細之就醫需求，逐步擴充醫療服務科別，為大南投地區民眾提供完整次專科服務。

佑民以守護南投縣民眾生命與健康為首要責任，逐步發展急重症照護至重度級能力，除提昇急診加護醫護人力及素質，讓民眾獲得優質緊急醫療服務，成為同時承擔南投地區腦中風重度級與急性冠心症重度級急救責任的地區醫院。

自2020年起，為求持續進步與永續發展，持續擴大與各大醫學中心如與區域醫院之多元合作，希望能減少南投與都會區的照護差距，成為在地鄉親最可靠的健康守護者!